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第一轮通知

 

尊敬的老师：

在“第七届国际理论化学、分子模拟和生命科学研讨会暨科学计算和模拟软件发展平台学术交流会”（7月21日-23日）结束后，将于7月24日，在北京师范大学随后举办“基于GPU计算的分子动力学软件及量子化学计算软件学研班”。

本学研班将分别介绍基于GPU计算的分子动力学软件-ACEMD、TeraChem软件（畅享高速高效并行GPU平台），从头算量子化学程序包Q-Chem、Molpro及Molcas软件的理论及应用，学习及研讨有关分子动力学模拟和分子力场的基本原理、基本方法和相关重要程序。授课专家为相关领域的知名学者，其中也有所讲授软件的开发者。授课专家结合个人的科研经验和实例为大家介绍基本理论、方法及软件的使用。同时，北京宏剑公司根据广大用户的实际需要，帮助学员解决如何将程序用于科研的实际问题。学习和研讨内容亦多结合当前有关分子动力学模拟和分子力场、量子化学计算软件的前沿科研课题。

² 主办单位：北京师范大学 

² 支持单位：北京宏剑公司  Global Simulation  

² 授课专家：于建国教授 北京师范大学；刘俊博士 北京宏剑公司

² 培训时间：2013年7月24 日 

² 培训地点：北京师范大学化学院  北京

² 收费标准：600元/人，参会人员住宿费及交通费自理。

² 优惠政策：参加“第七届国际理论化学、分子模拟和生命科学研讨会暨科学计算和模拟软件发展平台学术交流会”

             注册人员培训费减半（300元/人）。

² 联 系 人: 北京宏剑公司 李长瑜

² 电    话: 010-51261900-868

² E-mail  :  该Email地址已收到反垃圾邮件插件保护。要显示它您需要在浏览器中启用JavaScript。

² 会议报名网址: 报名请点击

² 地   址：北京师范大学化学院

 

课程安排

 

 

 

 

授课专家介绍

 

Ø 于建国教授：物理化学博士，北京师范大学化学学院教授，长期从事理论与计算化学基础研究与教学，为自主知识产权的计算化学模拟软件SimuPac的设计及开发者，国际著名计算化学软件

                Q-Chem、Spartan和AMPAC的作者之一。

Ø 刘  俊博士：物理化学专业，北京宏剑公司高级技术支持，进修于英国 Cardiff大学并接受Peter Knowles教授培训，掌握Molpro最新版本，具备培训师资质。主要从事相对论量子化学的理论研究和程序

                化，对密度泛函等理论、从头算理论与方法有比较深刻的理解，尤其是对两种Kohn-Sham 有效势进行了深入的研究。将OEP理论应用于精确的4分量相对论与2分量相对论中，提出SAOP的

                局限性与解决。熟悉量子化学程序编写，以及各种量子化学软件的安装，操作和使用，计算中心软件部署。

 

软件介绍

 

Ø Q-Chem:

² Q-Chem是一款功能齐全的从头算量子化学程序包，全面支持从DFT/HF到各种高级的post-HF相关能计算方法，被广泛用于处理工业界、学术界和国家实验室的各类理论模拟研究，在理论化学、药物设计、材料科学、生物化学以及相关领域的教学和研究中发挥了极大作用。可以包括研究分子结构、化学反应、分子振动、电子光谱、NMR谱和溶剂化效应等。

² 基于快速DFT计算的远程校正（Dispersion）、双杂化（double-hybrid）和按距离校正（range-corrected）的新泛函；

² 诸多用于自由基和激发态计算的EOM-CCSD方法，一系列用于强相关处理的有效活化空间方案；

² TDDFT解析梯度计算，和目前世界独有的TDDFT解析hessian计算，各种用于电荷迁移和激发态计算的新方案。

 

Ø ACEMD:

² ACEMD是最领先的分子动力学GPU软件。ACEMD是一个功能全面的的分子动力学模拟软件包，可以高效的运行于NVIDIA GPU上。ACEMD的主要优势是对分子动力学模拟，大大提高模拟效率（几十甚至上百倍），提高科研效率。

 

² ACEMD的主要功能及特点：

1. 全面覆盖Amber、CHARMM、NAMD、CellMD、Gromos功能

2. 部分覆盖LAMMPS、Gromacs的功能

3. 包含Particle mesh Ewald (PME)及广义反应力场

4. 方便读取Charmm、Amber等力场

5. 支持metadynamics, steered MD等插件

6. 支持umbrella sampling, replica exchange等插件

7. 运行时间步长超过4fs

8. 刚性、柔性氢键

9. 完全兼容CUDA、OpenCL

10. 支持TCL脚本

11. 便于根据模拟结果不断修改模拟条件

12. 很好的稳定性、可靠性

Ø TeraChem

² 世界首创在GPU上运行的量化计算程序！

² TeraChem1.45:开拓与首创

 

² TeraChem主要功能及特点：

1. 支持Nvidia的Tesla和FermiGPU的全部功能

2. RHF、UHF和DFT能量与解析梯度计算

3. 多种DFT泛函和DFT网点计算选择

4. 几何构型和过度态优化（包括限制性优化）

5. 从头算分子动力学（NVE和NVT系综）

6. 支持多GPU系统

7. 支持单精度、双精度和混合精度计算

8. 适合超大分子计算的设计

9. 环绕水分子的QM/MM计算

10. 自然键轨道分析

11. 比常规的在CPU上的计算加速能达到1000倍！

 

Ø Molpro软件

² 最新版本：2012.1

² Molpro软件是一款多功能全面的量子化学计算软件，其优势在于对电子结构的高精度计算，并且提供的算法更加全面，包括密度泛函DFT，微扰理论Mpn，多参考组态相互作用（MR-CI），耦合簇（CC）以及其他相关方法，是国际上广泛应用的专业级量化计算软件。尤其体现在处理激发态的时候，Molpro用MR-CI方法通常只需10个循环即可自洽收敛，而不会像其他软件常用的CASSCF方法那样，难以收敛，并且MR-CI的计算结果更加精确。

 

Ø Molcas软件简介

² 最新版本：7.8

² Molcas软件侧重于多组态的量子化学计算，适用于研究于那些无法用单组态合理描述其他电子结构的体系，如激发态，化学反应过渡态，重元素（过渡金属，镧系，錒系）体系等。结合量子化学与分子的QM/MM方法可以用来计算大分子和分子簇，NEMO方法能够为MC/MD模拟产生分子间力场。