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MOPAC
MOPAC 是一款面向实验化学家的半经验量子化学程序，以 AM1/PM3/PM6/PM7 等 NDDO 型哈密顿量快速计算含上千至近万原子的能量、结构、振动、过渡态、激发态与溶剂化性质，并凭借 MOZYME 线性标度 SCF 和周期边界功能，可用于有机、生化、材料体系的高通量筛选或动力学模拟。
MOPAC 2016的新功能：
功能
大分子/生物分子操作增强
一键对蛋白质等巨型体系进行指定残基或原子的电离/去电离
支持两套结构叠合与 RMSD 计算，方便对比构象差异
输入语法简化，可直接用残基名或原子编号选取片段，无需手动列序号
过渡态定位进一步稳健
优化了 TS 搜索算法，对酶催化、蛋白-配体反应等柔性体系初始 Hessian 更鲁棒，减少“跑偏”概率
维护与兼容性更新
持续修正 2012 版发现的严重 bug（与 MOZYME、PM7 参数相关的梯度异常、内存泄漏等）
提供 64-bit Windows / macOS / Linux 可执行文件，支持最大 18,000 原子（MOZYME 线性标度 SCF）
此外，MOPAC2016 仍完整继承 2012 版全部方法：
半经验哈密顿：AM1、PM3、PM6、PM7、PM7-TS、RM1、MNDO-d 等
MOZYME 线性标度 SCF（≤15,000 原子优化，≤18,000 原子单点）
周期边界（1D-3D）、TS 搜索、频率、热力学、pKa 预测、激发态 CI、COSMO 溶剂化等
MOPAC2012 半经验量子化学计算（PM6, PM7）
MOPAC 2012的新功能：加入新的半经验方法PM7和PM7-TS。
功能:
1. MNDO，MINDO/3，AM1和PM3哈密顿量
2. 限制Hartree-Fock (RHF)和非限制Hartree-Fock (UHF)方法
3. 组态相互作用
(a) 100个组态
(b) 单重，双重，三重，四重，五重和六重
(c) 激发态
(d) 指定态的几何优化，等
4. 单自恰场计算
5. 几何优化
6. 梯度最小化
7. 过渡态定位
8. 反应路径坐标计算
9. 力常数计算
10. 简正坐标分析
11. 跃迁偶极计算
12. 热力学特性计算
13. 局域化轨道
14. 共价键顺序
15. 键分解为sigma和pi分量
16. 一维空间聚合物计算
17. 动力反应坐标计算
18. 内反应坐标计算