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Quantemol

2016-04-02T00:42:38+00:00

公司介绍

Quantemol位于英国伦敦大学学院(University

College London，右图)，于2004年由Jonathan

Tennyson FRS 教授(右下图)和Daniel Brown博士创

立。公司致力于开发能够解决高度精密复杂的科学模

拟问题的软件工具。Quantemol-N能够快速应用模拟电

子和多原子分子相互作用的分子R-matrix程序，从而

在整体上减少创建模拟的时间。在Quantemol-VT中，

由密歇根大学(University of Michigan)的Mark

Kushner教授建立的世界领先的等离子体模拟程序将会

带来前所未有的用户体验。除此之外，Quantemol优秀

的科研团队还可以提供相关咨询服务，这些咨询项目

将由世界各领域顶尖科学家共同完成。

产品-Local SCF

2013-02-27T21:58:10+00:00

Local SCF

最新版本：无版本号
LocalSCF程序是在超大蛋白质体系的量子力学模拟方面的一次突破。首次使大型的（原子数在100,000以上）、复杂的真实蛋白质体系能够在PC机上实现量子化学计算，在量子力学的理论级别进行蛋白质模拟，需求的硬件资源少，计算相当快。可以免费试用一个月。

功能
1. 在普通的PC平台上运行。
2. 可以计算超大的、十万以上原子的体系。
3. 特别适合于蛋白质体系的快速的高级几何优化方法：
从笛卡儿坐标识别蛋白质结构；高度组织化的结构性质的检查与验证；识别各种分子片段（氨基酸骨架，侧链，终端原子，水分子和平衡离子）；定义特殊的分子片段或氨基酸序号后，通过直观和易用的界面指定几何优化模式；基于关键字识别和快速优化酶结合腔内的药物分子。
4. 线性标度的COSMO溶剂化模型：
类似于执行屏蔽模式的连续导体；相对于气相计算而言，增加的内存只需要两倍左右；COSMO模型的几何优化。
5. 快速多极方法：
内存需要很少，特别是对大体系和高精度求解库仑相互作用的计算；对系统资源占用提供灵活的控制。
6. 真正的变分线性标度方法：
对短程局域化分子轨道保留高精度（LMO越短程，需要的RAM越少)；用户可以自己控制速度与精度之间的最佳平衡；内置的精度确认机制，允许与特定关键字选项有关的分子特性的比较。
7. 其它功能：
半经验哈密顿量有MNDO，AM1，PM3，PM5；到CAChe和BioAdviser的图形用户界面。

产品-GWB

2013-02-27T21:54:33+00:00

GWB – 地球化学模拟软件

最新版本：9.0
The Geochemist’s Workbench（GWB）是最为重要的地球化学模拟软件，广泛应用在环境地球化学、油气地球化学以及矿床地球化学等领域。运用计算机模拟众多的复杂地球化学反应过程，通过量化模型来了解沉积成岩和热液变化、开发探明矿床、确定污染物迁移规律、预测矿床和油藏物质演化。目前GWB模拟软件有三个版本，即GWB Essentials、GWB Standard和GWB Professional。

（1）GWB Essentials，即基础地球化学工作台，包含5个模块，Rxn，Act2，Tact，SpecE8，Gtplot。可以计算溶液地球化学反应平衡、构筑多组分体系相图、计算矿物饱和指数、气体逸度以及模拟吸附和表面配合作用、绘制体系氧化还原、pH、温度和活度等各种图解。

（2）GWB Standard，即标准地球化学工作台，除含有上述Essentials基础工作台相同的工具外，还加上了React模块。可以进行反应路径模拟，包括矿物溶解/沉淀和氧化还原动力学、计算Debye-Huckel或Pitzer活度系数和进行稳定同位素分馏计算等内容。

（3）GWB Professional，即专业地球化学工作台。目前GWB PRO 7.0是GWB的最高版本，除含有Essentials和Standard版本的所有工具外，还具备3个模块X1t，X2t，Xtplot。可以进行空间地球化学反应研究，如一维和二维反应输运模拟。

产品-HyperChem

2013-02-27T21:50:17+00:00

-- 化学分子结构计算软件

最新版本: 8.0.10
图形界面，有半经验方法（扩展Huckel，CNDO，INDO，MINDO/3，MNDO，MNDO/d，AM1，RM1，PM3（支持过渡金属），ZINDO/1，和ZINDO/S），UHF，RHF，MP2，CI和密度泛函。可进行单点能，几何优化，分子轨道分析，预测可见-紫外光谱，蒙特卡罗和分子力学计算。主页同时提供试用版下载。

功能
1. 结构输入和对分子操作。
2. 显示分子。
3. 化学计算。用量子化学或经典势能曲面方法，进行单点、几何优化和过渡态寻找计算。可以进行的计算类型有：单点能，几何优化，计算振动频率得到简正模式，过渡态寻找，分子动力学模拟，Langevin动力学模拟，Metropolis蒙特卡罗模拟。支持的计算方法有：从头计算，半经验方法，分子力学，混合计算。
4. 可以用来研究的分子特性有：同位素的相对稳定性；生成热；活化能；原子电荷；HOMO-LUMO能量间隔；电离势；电子亲和能；偶极矩；电子能级；MP2电子相关能；CI激发态能量；过渡态结构和能量；非键相互作用能；UV-VIS吸收谱；IR吸收谱；同位素对振动的影响；对结构特性的碰撞影响；团簇的稳定性。
5. 支持用户定制的外部程序。
6. 其它模块：RAYTRACE模块，RMS Fit，SEQUENCE编辑器，晶体构造器；糖类构造器，构像搜寻，QSAR特性，脚本编辑器。
7. 新的力场方法：Amber 2，Amber 3，用于糖类的Amber，Amber 94，Amber 96。
8. ESR谱。
9. 电极化率。
10.二维和三维势能图。
11.蛋白质设计。
12.电场。
13.梯度的图形显示。

HyperChem 7.0版新增功能：密度泛函理论(DFT)计算；NMR模拟；数据库；Charmm蛋白质模拟；半经验方法TNDO；磁场中分子计算；激发态几何优化；MP2相关结构优化；新的芳香环图；交互式参数控制；增强的聚合物构造功能；新增基组。HyperChem 7.5版新增功能：OpenGL绘图，支持自定义色彩；增强的构建蛋白质模型功能，以及对蛋白质结构的操作；大分子的电子密度近似方法。

HyperChem 8.0版新增功能：

1. 兼容Microsoft Vista。
2. 第三方软件接口。执行GAMESS，PQS，MOPAC2007，WinGamess，PC-Gamess，Q-Chem，Gaussian，等的计算，产生输入文件，读取输出用于显示轨道、光谱等，接口是开源的，可以对其进行扩充，接到用户自己的代码中。
3. 批处理功能。
4. 所有数值都改为双精度。
5. Undo和Redo，Draw和Undraw选项；最近四个文件列表。
6. 结构测量功能；化学取代功能。
7. 熵和自由能；任意温度的热容；零点能；速率常数；平衡常数。
8. MP2增加了新功能，只要能做SCF的地方，就能研究后-Hartree-Fock结果。
9. CI从单点计算菜单中独立出来，使用更简单和方便。
10.温度作为全局变量，不仅仅用于分子动力学，蒙特卡罗，等。
11.计算光谱的线宽。
12.MM-QM更清晰地定义量子区和经典区。
13.MD计算中可以固定原子。
14.分子力学计算加入电场。
15.分子的3D显示。
16.对量子力学和分子力学计算进行振动分析。
17.箱中粒子，用于教学。
18.多种单位系统：kcal/mol，kJ/mol，a.u.。
19.新的半经验方法RM1。RM1方法是重新参数化的AM1，结果优于AM1和PM3，支持的元素有H，C，N，O，P，S，F，Cl，Br，和I。

产品-PQS

2013-02-27T21:41:08+00:00

PQS -- 并行量化计算软件

最新版本: 4.0
并行量化计算软件，提供试用版下载，注册后运行。未注册版本只能运行中等计算（25个原子和100个基函数）。闭壳层和开壳层SCF和DFT能量、梯度计算，包括几种初始波函猜测选项。所有流行的交换-相关泛函：HFS, SVWN, SVWN5, HFB, BVWN, BVWN5, BLYP, BPW91,OPTX, OVWN, OVWN5, OLYP, OPW91, B3LYP, B3PW91, O3LYP, WAH, USER, BP86,OP86, B3PW91, B97, B97-1, B97-2, HCTH, 以及用户自定义的泛函。用上面所有方法进行灵活高效的几何优化，包括Baker的用于最小化和鞍点搜索的本征矢搜索算法，Pulay的GDIIS算法，使用的坐标有笛卡儿坐标，Z-矩阵，以及非定域的内坐标。全局结构限制，包括固定距离，平面弯曲，扭转以及平面外的弯曲。用上面所有方法计算二阶导数，包括计算振动频率，IR强度和热动力学分析。闭壳层Hartree-Fock和DFT波函的解析二阶导数（开壳层在开发中）。闭壳层HF和DFT波函的核磁屏蔽。单点MP2和双基MP2能量（解析梯度尚在开发）。势能面扫描，包括扫描和对所有其它变量进行优化。反应路径跟踪，使用Z-矩阵，笛卡儿，或者质量-权重笛卡尔。布居数分析，包括原子电荷，键级，以及原子化合价（包括开壳层的自由化合价）。Weinhold的NBO分析，包括自然布居和空间排列分析。初步的特性模块，包括电荷，自旋密度，核的电场梯度。极化率和极化率导数（对拉曼强度）。在几何优化，振动频率与核磁屏蔽中引入外场。高效的矢量化高斯积分包，允许使用高角动量基函数和普通的收缩基。使用阿贝尔点群对称性；可以对几何优化使用全部点群对称性（直到Ih）。完整的半经验包，用于开壳层（非限制）和闭壳层能量与梯度，包括MINDO/3，MNDO，AMI和PM3。对于最后一个，直到第四行的所有主族元素（除了稀有气体）以及锌和镉都已经实现了参数化。使用Sybyl 5.0力场的分子力学。使用ONIOM方法的QM/MM。使用简单Verlet算法的分子动力学。Pople型输入，用于快速产生输入，并与其它程序兼容。X-windows下的图形用户界面pqscc。PQSMol，PQS的GUI，用于构建分子模型和图形显示结果。所有的主要从头计算功能均实现并行化。包含NBO 5.0，进行NBO分析。支持Gaussian风格的输入方式。

4.0版加入：
1. 对MP3，MP4，CID，CISD，CEPA-0，CEPA-2，QCISD，QCISD(T)，CCD，CCSD，和CCSD(T)波函的高级关联能实现高效的并行计算
2. 强制结构优化（用于模拟原子力显微镜的实验结果）
3. 全高精度的UMP2能量，以及HF和DFT波函的解析极化率和超极化率

产品-NBO

2013-02-27T19:42:16+00:00

NBO -- 自然键轨道分析软件

最新版本: 6.0
NBO(Natural Bond Orbital)，自然键轨道分析程序，在量化软件Jaguar，Q-Chem，PQS，NWChem，GAMESS-US（含PC GAMESS）和Gaussian中都包含了此程序或接口。

功能　
01. 规范分子轨道分析。提供占据轨道和空轨道的NBO成分，以及非键和反键的百分比。
02. 自然化学屏蔽分析。给出NMR化学屏蔽张量的顺磁和反磁性的局域化NBO/NLMO分析。
03. 自然J-耦合分析。对标量J-耦合（即NMR的自旋-自旋耦合）给出Fermi-接触型贡献的NBO/NLMO分析。
04. 3-c, 4-e超键搜寻。
05. 可用于大的体系，最多999个原子，9999个基函数。默认200个原子2000个基函数。
06. 改进的自然共振理论。
07. 改进的自然局域化分子轨道。
08. 新的检查点选项可用于不同轨道不同自旋的开壳层计算，可以对激发态和基态存储特殊的局域化PNBO电子组态，用于后SCF计算或用作SCF改善的猜测轨道。
09. 新的矩阵输出。
10. 增强的混合方向性方法，可以计算过渡金属的混合方向性。
11. 基祖线性依赖关系。
12. 在Windows 95/98/Me/NT/2K/XP操作系统提供GENNBO 5.0W工具，可以在PC桌面下研究NBO。

产品-Divcon

2013-02-27T19:36:58+00:00

Divcon

最新版本: 5.1.1
DivCon是线性标度半经验量子力学软件，通过“分而治之”的QM/MM方法，研究大生物分子和配体的分子间相互作用。QuantumBio开发的线性标度QM程序包DivCon，首次使得可以用电子结构方法研究大分子的集合（例如水中的蛋白质和DNA）。

功能　
DivCon包含六个模块，通过线性标度QM研究完整的蛋白质-配体复合物：
DivCon_General模块——包含了强大的分而治之线性标度算法和半经验哈密顿量MNDO，AM1，PM3和MNDO/d，用于计算：态密度分析，分子偶极子，电荷，电离势，
HOMO-LUMO能隙，生成热，以及核-核排斥。
QM_Score模块——这一基于评估函数的QM模块可用于研究蛋白质-配体间的亲和能。这不能从当前的评估函数获得，只能根据经验从势和力场方法获得。
QM_NMR模块——这一模块可以研究蛋白质信号屏蔽、配体信号屏蔽的化学位移微扰，以及配体-受体相互作用方法的探测。
QM_Sol模块——这一模块使用QM确定溶剂化自由能，LogP，吉布斯自由能，原子点电荷，以及静电势，对大分子、小分子均可。这些耗时的特性可用于建立基于QM的QSAR和
ADME/Tox拓扑指数。
QM_PWD模块——这一模块使用QM仔细分析生物分子间的相互作用，通过研究原子间成对能量的分解，寻找潜在的药物。
QM_Elec模块——这一模块使用QM获得生物分子的原子点电荷(CM1，CM2，Mulliken)和静电势。这些耗时的特性可用于建立基于QM的QSAR和ADME/Tox拓扑指数。

产品-MCPRO

2013-02-27T19:33:20+00:00

MCPRO -- 广泛使用的专业级电子结构量化计算

最新版本: 2.0
MCPRO使用蒙特卡罗统计力学模拟气相或溶液状态下的多肽、蛋白质和核酸。它源于BOSS，但在残基观念上有更广的用途。2.0版不包含构象搜索，量子力学或正则模式计算。MC模拟能在周期性溶剂箱中，或在溶剂团簇以及包括气相的电解质的统一体中进行。能量极小化能应用几种优化方法，包括共轭梯度法。MCPRO容许加入NMR约束条件（NOE和转角），通过模拟退火精炼NMR结构。自由能的改变通过FEP计算来估计，并广泛的应用在研究蛋白质-配体的结合上。提供了超过1000个常用的有机小分子和药物分子的输入文件。内含的脚本文件能够从PDB, mol2 或者mol文件中流畅的产生BOSS/MCPRO的输入文件。输出的分子结构包括PDB或 mol格式，能够非常容易的用标准图形显示程序展示，如XChemEdit, Rasmol, WebLab和Midas。

产品-BOSS

2013-02-27T19:28:08+00:00

BOSS

最新版本: 4.6
BOSS是通用分子模拟系统，用于进行分子力学计算，Metropolis蒙特卡罗统计力学模拟，和半经验的AM1，PM3，PDDG/PM3量子力学计算。分子力学计算包括能量最小化，简正模式分析，和用OPLS力场进行构象搜索。蒙特卡罗统计可用于纯液体，溶液，团簇，和气相体系，典型的应用包括计算纯液体的特性，溶剂化的自由能，溶剂化对构象异构体相对能量的影响，溶剂化自由能沿反应路径上的变化，主体客体复合物成键的结构与相对自由能。用统计微绕理论方法计算能量，也可以使用量子力学方法计算能量。坐标文件为PDB或mol格式，易于传递和显示。BOSS可以扩展到12种常用溶剂和用户自定义溶剂的平衡盒子的设置。提供了超1000个常用的有机小分子和药物分子的输入文件。内含的脚本文件能够从PDB, mol2 或者mol文件中流畅的产生BOSS/MCPRO的输入文件。输出的分子结构包括PDB或 mol格式，能够非常容易的用标准图形显示程序展示，如XChemEdit, Rasmol, WebLab和Midas。

产品-GAMESS-UK

2013-02-27T19:17:51+00:00

GAMESS-UK -- 电子结构从头计算程序

最新版本: 7.0
可以从RHF，ROHF，UHF，GVB和MCSCF计算波函数，其中一些使用CI和MP2修正。自恰场的解析梯
度用于自动几何优化，过渡态寻找，跟踪反应路径。能量hessian的计算允许预测振动频率。可以计算大量
的分子特性，从简单的偶极矩到含频率超级极化率。内部储存了大量基组和有效核势，分子中可以包含到
Ra的所有元素。几个图形程序用于显示最终结果。支持并行计算。

功能
1. Hartree Fock：
分块收缩基组，一般收缩基组，球谐基组
SCF能量计算：常规算法和in-core算法
SCF梯度计算：常规算法和in-core算法
SCF频率计算：数值和解析二阶导
常规SCF的并行化
限制和非限制开壳层SCF
广义价键立论
2. 密度泛函理论：
闭壳层和开壳层体系的能量和梯度
大量的交换、关联和交换-关联泛函，包括：
LDA，LYP，B3LYP，BLYP，BP86，BP97，B97，HCTH
93/120/147/407，PBE，Fialtov Thiel
'97，PWG1，B97-1/2，KT1/2，EDF，PW92，PW91，等
Meta-GGA泛函的能量和梯度，包括BB95，B1B95，BB1K
优化的拟合库仑模块
解析和数值二阶导
并行化
3. 电子关联：
闭壳层和开壳层的MP2频率
MP3能量
MCSCF能量和梯度
CASSCF能量，梯度和数值二阶导
MR-DCI能量，梯度和跃迁矩
CCSD和CCSD(T)能量
RPA（直接）和MCLR的激发能和振荡强度
Full-CI能量
Green函数计算电离势
多参考微扰理论：多参考二级和三级Moller-Plesset微扰理论（包括其特殊形式CASPT2和
CASPT3），MRCI+MRMPn (n=2,3)混合方法
DIRECT-CI模块：进行单参考或多参考的
CI，CEPA(0)，CEPA(1)，CEPA(2)，ACPF，AQCC计算
4. 功能：
直接SCF和DFT的能量，解析梯度，和解析二阶导
直接MP2的能量，解析梯度，和数值二阶导
直接RPA计算激发能
半直接MRDCI能量
并行化直接SCF和直接MP2的梯度，直接SCF的频率，和直接RPA
ZORA全电子标量相对论
5. 分子特性：
包括Mulliken和Lowdin布居分析
静电势导出电荷
分布多极分析
Morokuma分析
自然键轨道（NBO）分析
到AIMPAC代码的接口
红外和拉曼强度
多极矩
极化率，超极化率，和磁化率
相对论效应（ZORA）
溶剂化效应（DRF）
6. 赝势：
局域和非局域赝势，可以计算能量二阶导
7. QM/MM：
到Charmm的接口
到ChemShell的接口
8. 半经验方法：
MNDO，AM1和PM3。内含的MOPAC代码升级到7.0。
9. 可视化：
进行前期和后期处理
用CCP1GUI显示标量和矢量数据
10. 支持MS Windows
完全图形化的安装程序，以及友好的图形用户界面用于编辑和提交任务