问题1

    “我现在用Windows G03 D.01版软件的G2方法计算环己酮的单点能计算总是died。其中输出文件的最后几行为：
Estimate disk for full transformation 992375944 words.
Semi-Direct transformation.
ModeAB=      4 MOrb=      1 LenV=      5579946
LASXX=       212866516 LTotXX=      293759356 LenRXX=      347704456
LTotAB=      53945100 MaxLAS=      296198460 LenRXY=      0
NonZer=      479678132 LenScr=      725065728 LnRSAI=      3291094
LnScr1=       5922816 LExtra=      0 Total=       1081984094
MaxDsk=      0 SrtSym=       T ITran=      5
File extend in NtrExt1 failed; probably out of disk space.

    我该怎么解决这样的问题呢？我的gaussian 安装在D盘，还有25G左右剩余空间，计算 Default route: MaxDisk=20GB，可是对这个需要 992375944 words的计算为什么总是died呢？附件中有输入输出文件，希望得到您的帮助！

Answer：

    “File extend in NtrExt1 failed; probably out of disk space.”是指scratch文件所需要的硬盘空间不够。关于scratch文件大小的限制主要涉及三个方面：首先当然是硬盘剩余空间的多少；其次受32位操作系统的限制，G03 C.01及更高版本在Windows平台支持的单个scratch文件上限为16G；最后还要注意硬盘分区文件系统的限制，FAT32格式下单个文件不能超过4G，NTFS格式最大可达64G。

    992375944 words相当于7.6GB，根据您所说的情况，前两个方面应该都没问题，那么请您检查一下D盘的文件系统是否为FAT32，或许是这个原因导致计算终止。

    如果确认问题在于文件系统本身的限制，我们建议您用%RWF指令对scratch文件进行指定和分割。该指令的语法是

%RWF=loc1,size1,loc2,size2,…

其中loc是目录位置或文件路径名，size是该目录中文件片段的最大尺寸。Gaussian将对任何定义目录的loc自动产生唯一的文件名。例如，下面的指令把读写文件分割到三个位置：

%RWF=D:\ScratchDir1\,4GB,E:\ScratchDir2\,4GB,F:\ScratchDir3\Scratch.tmp,4GB

问题2

    我在用gaussian03中MP2计算的时候，遇到了下面的问题：
"我用MP2方法cc-pvqz在曙光4000A上计算Cl2O2分子性质的时候，输出文件出现下面的提示终止了：
PickT4: no shell combinations can fit!
NKLS2p=      12 NKLS2=      12 MaxCom=      10
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g03/l804.exe at Sun Oct 1 21:20:05 2006
我试着增加内存，结果不管用。您看该如何解决？"

Answer：

    “PickT4: no shell combinations can fit!”是指由于某些原因导致gaussian无法正确估计计算所需要的内存。通常的解决方案是修改%mem增加可用的内存，您可以先把%mem设为原来的两倍试试，如果还不行就增大到4倍、6倍甚至8倍，不过注意别超过机器上实际可用的物理内存。

    如果怎么调节%mem都没有效果，那么您遇到的问题可能是G03程序的一个bug。我甚至在JACS的一篇文章里看到作者注释说他们遇到和您同样的问题，而且怎么改参数都无效，以至于其中一个计算没有得到结果。因此，如果您修改%mem仍然没有解决问题，请您及时与我们联系，我们将把您的问题反馈给gaussian公司，征询他们对此的解决方案。

问题3

“I want to calculate electrostatic field on some grids around a certain molecule using Gaussian 03. But I don't know how to prepare the input file. Can you help me out?”

Answer：

Answer：
    G03 provides two standalone uitlities to deal with the grid file: cubegen for generating grid files of electron density or electrostatic potential from the data in a formatted checkpoint file, and cubman for manipulating the produced grid files (allowing them to be added, subtracted, and so on). cubegen has the following syntax:
                        cubegen memory kind fchkfile cubefile npts format
    All parameters are optional, cubegen will prompt for fchkfile if necessary and the default command is:
                        cubegen 0 density=scf response-to-prompt test.cube 0 h

    The detail information about these parameters can be found in the G03 manual or the online web page http://www.gaussian.com/g_ur/u_cubegen.htm. The following is a runable shell script to illustrate how to obtain a grid file of electrostatic potential by MP2 method:

#!/bin/csh
cd /home/user/working/g03/H2O
$g03root/g03/g03 <<END >H2O_mp2.log
%chk=H2O_mp2.chk
# mp2/6-31g(d,p) density
H2O electrostatic cube
0 1
O
H 1 B1
H 1 B2 2 A1
B1 0.96
B2 0.96
A1 109.5
END
$g03root/g03/formchk H2O_mp2.chk H2O_mp2.fchk
$g03root/g03/cubegen 0 Potential=mp2 H2O_mp2.fchk H2O.cube -3 h