快速准确的构象搜索和分析对药物发现和化学工程非常重要。CONFLEX5的独特之处是它完全地搜索柔性分子构象空间，以找到每一个有化学意义的最佳结构。不同于CONFLEX5以前的版本和其他的几何优化程序，CONFLEX5的构象搜寻并不依赖于用户输入的初始构型。在这方面的功能上，CONFLEX5优于同价位的其他软件：穷举搜索，快速且精度高，可处理大量分子，有平行计算选项。

使用一些独特的策略，CONFLEX5能彻底的搜索构象空间以确定最稳定的构型:

·Downstream/reservoir-filling
·可变的搜索限制(A variable search limit)
·三种微扰模式（角振动，边翻转和逐级旋转）
·预检查

CONFLEX5的计算结果能以多种形式输出，允许应用在从头算或可视化显示上，比如应用于BARISTA软件。