| 一个强大通用的Poisson-Boltzmann静电模拟工具,利用DelPhi程序研究各种大分子的静电势,特别是活性位点的特征。
功能
静电相互作用对分子的结构与功能有重要影响,因此分析分子的静电场具有重要的意义。Delphi被用于各种分子体系的静电场分析中。例如,在药物设计中,DelPhi程序帮助用户确定配体-靶标相互作用的特征,进而帮助用户将注意力放在那些最有潜力的药物上,达到更集中、准确地药物分子设计,加速药物研发过程。大分子形成复合物会改变静电场性质,这对其功能有重要影响。Delphi能够在考虑溶剂效应与离子强度影响的情况下计算大分子的静电性质。DelPhi程序能够处理小分子,也可以处理包括核酸、多糖、蛋白质、DNA等的静电性质,这样不仅可以正确处理配体-靶标之间的相互作用,同时也可以确定定点突变的pKa效应、结合能、催化率等。计算得到的大分子的静电性质可以在分子表面图示化。静电势的显示可以通过GRASP软件完成。通过三维势能面,用户可以估测蛋白质内部及表面的静电势,进而进行实验前的化合物筛选,同时帮助用户模拟实验。用户可以根据自己科研的需要输入计算静电势相关的条件:原子电荷、半径,溶质/溶剂的介电常数和离子强度。Delphi在此基础上,求解任意形状以及电荷分布的分子的线性的以及非线性的Poisson-Boltzmann方程,反应盐浓度、不同溶剂以及分子的不同带电方式对于分子体系静电势的影响。DelPhi程序为用户提供了可以与实验相媲美的数据结果,同时也帮助用户节省时间和经费去得到最佳的化合物。科研用户可以用极少的价格获得该软件包。 |