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DivCon是线性标度量子力学软件,通过“分而治之”的QM/MM方法,研究生物大分子和配体的分子间相互作用。QuantumBio开发的线性标度QM程序包DivCon,首次使得可以用电子结构方法研究大分子的集合(例如水中的蛋白质和DNA)。
功能
DivCon包含六个模块,通过线性标度QM研究完整的蛋白质-配体复合物:
DivCon_General模块——包含了强大的分而治之线性标度算法和半经验哈密顿量MNDO,AM1,PM3和MNDO/d,用于计算:态密度分析,分子偶极矩,电荷,电离势,HOMO-LUMO能隙,生成热,以及核-核排斥。
QM_Score模块——基于QM的打分函数可用于研究蛋白质-配体间的亲和力。比如研究金属蛋白酶与配体的亲和力,当前许多打分函数都无法处理这类问题。
QM_NMR模块——这一模块可以研究基于蛋白信号或基于配体信号筛选中的化学位移扰动,以及配体-受体相互作用方法的探测。
QM_Sol模块——使用QM确定溶剂化自由能,LogP,吉布斯自由能,原子点电荷,以及大分子和小分子静电势。这些耗时的性质可用于构建基于QM的QSAR和ADME/Tox描述符。
QM_PWD模块——通过研究原子间成对能量分解,使用QM仔细分析生物分子与药物之间的相互作用,进一步利用获得的分子间和分子内相互作用性质帮助药物设计。
QM_Elec模块——使用QM获得生物分子的原子点电荷(CM1,CM2,Mulliken)和静电势。这些耗时的性质可用于构建基于QM的QSAR和ADME/Tox描述符。 |