Local SCF

最新版本：无版本号
LocalSCF程序是在超大蛋白质体系的量子力学模拟方面的一次突破。首次使大型的（原子数在100,000以上）、复杂的真实蛋白质体系能够在PC机上实现量子化学计算，在量子力学的理论级别进行蛋白质模拟，需求的硬件资源少，计算相当快。可以免费试用一个月。

功能
1. 在普通的PC平台上运行。
2. 可以计算超大的、十万以上原子的体系。
3. 特别适合于蛋白质体系的快速的高级几何优化方法：
从笛卡儿坐标识别蛋白质结构；高度组织化的结构性质的检查与验证；识别各种分子片段（氨基酸骨架，侧链，终端原子，水分子和平衡离子）；定义特殊的分子片段或氨基酸序号后，通过直观和易用的界面指定几何优化模式；基于关键字识别和快速优化酶结合腔内的药物分子。
4. 线性标度的COSMO溶剂化模型：
类似于执行屏蔽模式的连续导体；相对于气相计算而言，增加的内存只需要两倍左右；COSMO模型的几何优化。
5. 快速多极方法：
内存需要很少，特别是对大体系和高精度求解库仑相互作用的计算；对系统资源占用提供灵活的控制。
6. 真正的变分线性标度方法：
对短程局域化分子轨道保留高精度（LMO越短程，需要的RAM越少)；用户可以自己控制速度与精度之间的最佳平衡；内置的精度确认机制，允许与特定关键字选项有关的分子特性的比较。
7. 其它功能：
半经验哈密顿量有MNDO，AM1，PM3，PM5；到CAChe和BioAdviser的图形用户界面。

 -- 化学分子结构计算软件

最新版本: 8.0.10
图形界面，有半经验方法（扩展Huckel，CNDO，INDO，MINDO/3，MNDO，MNDO/d，AM1，RM1，PM3（支持过渡金属），ZINDO/1，和ZINDO/S），UHF，RHF，MP2，CI和密度泛函。可进行单点能，几何优化，分子轨道分析，预测可见-紫外光谱，蒙特卡罗和分子力学计算。主页同时提供试用版下载。

功能
1. 结构输入和对分子操作。
2. 显示分子。
3. 化学计算。用量子化学或经典势能曲面方法，进行单点、几何优化和过渡态寻找计算。可以进行的计算类型有：单点能，几何优化，计算振动频率得到简正模式，过渡态寻找，分子动力学模拟，Langevin动力学模拟，Metropolis蒙特卡罗模拟。支持的计算方法有：从头计算，半经验方法，分子力学，混合计算。
4. 可以用来研究的分子特性有：同位素的相对稳定性；生成热；活化能；原子电荷；HOMO-LUMO能量间隔；电离势；电子亲和能；偶极矩；电子能级；MP2电子相关能；CI激发态能量；过渡态结构和能量；非键相互作用能；UV-VIS吸收谱；IR吸收谱；同位素对振动的影响；对结构特性的碰撞影响；团簇的稳定性。
5. 支持用户定制的外部程序。
6. 其它模块：RAYTRACE模块，RMS Fit，SEQUENCE编辑器，晶体构造器；糖类构造器，构像搜寻，QSAR特性，脚本编辑器。
7. 新的力场方法：Amber 2，Amber 3，用于糖类的Amber，Amber 94，Amber 96。
8. ESR谱。
9. 电极化率。
10.二维和三维势能图。
11.蛋白质设计。
12.电场。
13.梯度的图形显示。

HyperChem 7.0版新增功能：密度泛函理论(DFT)计算；NMR模拟；数据库；Charmm蛋白质模拟；半经验方法TNDO；磁场中分子计算；激发态几何优化；MP2相关结构优化；新的芳香环图；交互式参数控制；增强的聚合物构造功能；新增基组。HyperChem 7.5版新增功能：OpenGL绘图，支持自定义色彩；增强的构建蛋白质模型功能，以及对蛋白质结构的操作；大分子的电子密度近似方法。

HyperChem 8.0版新增功能：

1. 兼容Microsoft Vista。
2. 第三方软件接口。执行GAMESS，PQS，MOPAC2007，WinGamess，PC-Gamess，Q-Chem，Gaussian，等的计算，产生输入文件，读取输出用于显示轨道、光谱等，接口是开源的，可以对其进行扩充，接到用户自己的代码中。
3. 批处理功能。
4. 所有数值都改为双精度。
5. Undo和Redo，Draw和Undraw选项；最近四个文件列表。
6. 结构测量功能；化学取代功能。
7. 熵和自由能；任意温度的热容；零点能；速率常数；平衡常数。
8. MP2增加了新功能，只要能做SCF的地方，就能研究后-Hartree-Fock结果。
9. CI从单点计算菜单中独立出来，使用更简单和方便。
10.温度作为全局变量，不仅仅用于分子动力学，蒙特卡罗，等。
11.计算光谱的线宽。
12.MM-QM更清晰地定义量子区和经典区。
13.MD计算中可以固定原子。
14.分子力学计算加入电场。
15.分子的3D显示。
16.对量子力学和分子力学计算进行振动分析。
17.箱中粒子，用于教学。
18.多种单位系统：kcal/mol，kJ/mol，a.u.。
19.新的半经验方法RM1。RM1方法是重新参数化的AM1，结果优于AM1和PM3，支持的元素有H，C，N，O，P，S，F，Cl，Br，和I。

GWB – 地球化学模拟软件

最新版本：9.0
The Geochemist’s Workbench（GWB）是最为重要的地球化学模拟软件，广泛应用在环境地球化学、油气地球化学以及矿床地球化学等领域。运用计算机模拟众多的复杂地球化学反应过程，通过量化模型来了解沉积成岩和热液变化、开发探明矿床、确定污染物迁移规律、预测矿床和油藏物质演化。目前GWB模拟软件有三个版本，即GWB Essentials、GWB Standard和GWB Professional。

（1）GWB Essentials，即基础地球化学工作台，包含5个模块，Rxn，Act2，Tact，SpecE8，Gtplot。可以计算溶液地球化学反应平衡、构筑多组分体系相图、计算矿物饱和指数、气体逸度以及模拟吸附和表面配合作用、绘制体系氧化还原、pH、温度和活度等各种图解。

（2）GWB Standard，即标准地球化学工作台，除含有上述Essentials基础工作台相同的工具外，还加上了React模块。可以进行反应路径模拟，包括矿物溶解/沉淀和氧化还原动力学、计算Debye-Huckel或Pitzer活度系数和进行稳定同位素分馏计算等内容。

（3）GWB Professional，即专业地球化学工作台。目前GWB PRO 7.0是GWB的最高版本，除含有Essentials和Standard版本的所有工具外，还具备3个模块X1t，X2t，Xtplot。可以进行空间地球化学反应研究，如一维和二维反应输运模拟。

PQS -- 并行量化计算软件

最新版本: 4.0
并行量化计算软件，提供试用版下载，注册后运行。未注册版本只能运行中等计算（25个原子和100个基函数）。闭壳层和开壳层SCF和DFT能量、梯度计算，包括几种初始波函猜测选项。所有流行的交换-相关泛函：HFS, SVWN, SVWN5, HFB, BVWN, BVWN5, BLYP, BPW91,OPTX, OVWN, OVWN5, OLYP, OPW91, B3LYP, B3PW91, O3LYP, WAH, USER, BP86,OP86, B3PW91, B97, B97-1, B97-2, HCTH, 以及用户自定义的泛函。用上面所有方法进行灵活高效的几何优化，包括Baker的用于最小化和鞍点搜索的本征矢搜索算法，Pulay的GDIIS算法，使用的坐标有笛卡儿坐标，Z-矩阵，以及非定域的内坐标。全局结构限制，包括固定距离，平面弯曲，扭转以及平面外的弯曲。用上面所有方法计算二阶导数，包括计算振动频率，IR强度和热动力学分析。闭壳层Hartree-Fock和DFT波函的解析二阶导数（开壳层在开发中）。闭壳层HF和DFT波函的核磁屏蔽。单点MP2和双基MP2能量（解析梯度尚在开发）。势能面扫描，包括扫描和对所有其它变量进行优化。反应路径跟踪，使用Z-矩阵，笛卡儿，或者质量-权重笛卡尔。布居数分析，包括原子电荷，键级，以及原子化合价（包括开壳层的自由化合价）。Weinhold的NBO分析，包括自然布居和空间排列分析。初步的特性模块，包括电荷，自旋密度，核的电场梯度。极化率和极化率导数（对拉曼强度）。在几何优化，振动频率与核磁屏蔽中引入外场。高效的矢量化高斯积分包，允许使用高角动量基函数和普通的收缩基。使用阿贝尔点群对称性；可以对几何优化使用全部点群对称性（直到Ih）。完整的半经验包，用于开壳层（非限制）和闭壳层能量与梯度，包括MINDO/3，MNDO，AMI和PM3。对于最后一个，直到第四行的所有主族元素（除了稀有气体）以及锌和镉都已经实现了参数化。使用Sybyl 5.0力场的分子力学。使用ONIOM方法的QM/MM。使用简单Verlet算法的分子动力学。Pople型输入，用于快速产生输入，并与其它程序兼容。X-windows下的图形用户界面pqscc。PQSMol，PQS的GUI，用于构建分子模型和图形显示结果。所有的主要从头计算功能均实现并行化。包含NBO 5.0，进行NBO分析。支持Gaussian风格的输入方式。

4.0版加入：
1. 对MP3，MP4，CID，CISD，CEPA-0，CEPA-2，QCISD，QCISD(T)，CCD，CCSD，和CCSD(T)波函的高级关联能实现高效的并行计算
2. 强制结构优化（用于模拟原子力显微镜的实验结果）
3. 全高精度的UMP2能量，以及HF和DFT波函的解析极化率和超极化率