CHARMM

1、CHARMM 简介

      CHARMM(Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics)是一种用于分子动力学的分子力场,同时,采用这种力场的分子动力学软件包也采用了这个名称。CHARMM是一个被广泛承认并应用的分 子动力学模拟程序,用于生物大分子的模拟,包括能量最小化,分子动力学和蒙特卡罗模拟等。程序采用由哈佛大学的Martin Karplus教授建立的CHARMM力场,可以为用户提供处理各种小分子、大分子(包括蛋白质、核酸和糖)的经验化能量计算,包括:相互作用能及构象能 量、局域最小化、旋转势垒、与时间相关的动力学行为、振动频率等。模拟过程提供了有关分子结构、相互作用、能量等信息。CHARMM包含具有专家特点的标 准最小化和分子动力学方法,包括正则模式计算、相关性分析、量子力学与分子力学相结合的方法等。CHARMM开发项目包括一个与Martin Karplus及其在哈佛的研究小组合作的开发者网络,这个网络包含了美国等地的开发者,协同开发及维护CHARMM软件包。


2、运行CHARMM

     CHARMM 可在各种各样的UNIX、Linux 及Windows 环境下运行。根据电脑的类型和计算的需求,可以使用不同的版本:

small:6,000 原子
medium:25,000 原子(推荐)
large:60,000 原子
xlarge:240,000 原子
xxlarge:360,000 原子
huge:1,000,000 原子

      计算机中所运行的程序可以分为两大类:选单驱动和命令驱动。所谓选单驱动,就是通过图形用户界面,用鼠标点击选取选单命令,实现所需的操作和计算。而命令驱动是要在命令行调用程序,通过键盘输入命令。CHARMM 程序使用命令行界面,绝大部分的操作要经由输入命令完成。