Mcpro

MCPRO -- 广泛使用的专业级电子结构量化计算

最新版本: 2.0
MCPRO使用蒙特卡罗统计力学模拟气相或溶液状态下的多肽、蛋白质和核酸。它源于BOSS,但在残基观念上有更广的用途。2.0版不包含构象搜索,量子力学或正则模式计算。MC模拟能在周期性溶剂箱中,或在溶剂团簇以及包括气相的电解质的统一体中进行。能量极小化能应用几种优化方法,包括共轭梯度法。MCPRO容许加入NMR约束条件(NOE和转角),通过模拟退火精炼NMR结构。自由能的改变通过FEP计算来估计,并广泛的应用在研究蛋白质-配体的结合上。提供了超过1000个常用的有机小分子和药物分子的输入文件。内含的脚本文件能够从PDB, mol2 或者mol文件中流畅的产生BOSS/MCPRO的输入文件。输出的分子结构包括PDB或 mol格式,能够非常容易的用标准图形显示程序展示,如XChemEdit, Rasmol, WebLab和Midas。

 

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