Boss

BOSS

最新版本: 4.6
BOSS是通用分子模拟系统,用于进行分子力学计算,Metropolis蒙特卡罗统计力学模拟,和半经验的AM1,PM3,PDDG/PM3量子力学计算。分子力学计算包括能量最小化,简正模式分析,和用OPLS力场进行构象搜索。蒙特卡罗统计可用于纯液体,溶液,团簇,和气相体系,典型的应用包括计算纯液体的特性,溶剂化的自由能,溶剂化对构象异构体相对能量的影响,溶剂化自由能沿反应路径上的变化,主体客体复合物成键的结构与相对自由能。用统计微绕理论方法计算能量,也可以使用量子力学方法计算能量。坐标文件为PDB或mol格式,易于传递和显示。BOSS可以扩展到12种常用溶剂和用户自定义溶剂的平衡盒子的设置。提供了超1000个常用的有机小分子和药物分子的输入文件。内含的脚本文件能够从PDB, mol2 或者mol文件中流畅的产生BOSS/MCPRO的输入文件。输出的分子结构包括PDB或 mol格式,能够非常容易的用标准图形显示程序展示,如XChemEdit, Rasmol, WebLab和Midas。